呂育誠（2021：234-237）認為跨域與都會治理的難題有二：一是缺乏合作的條件，各地方政府優勢與劣勢不同，在理性計算後，難以相互合作；二是都會治理更為複雜，各地方政府面臨資源的競爭與重分配問題，以及地方行政機關講求層級節制而難以應付需要「彈性」的治理模式。另外有國內學者提出跨域治理在執行上有若干難題必須克服（趙永茂，2003；轉引自丘昌泰：2020：111-113；李長晏，2007）：

1. 黨派立場迥異的跨域對抗：
   政府間由於政黨屬性不同，在許多公共事務與政策上形成兩極對立的衝突情勢，並以跨域對抗代替跨域合作，因而引發政黨間的惡鬥。例如2008年，內政部宣布臺中縣市擬於2010年合併升格為直轄市，立刻遭到許多「大縣市」的反對，然該行政區劃方案實已討論多年，且社會已有共識，內政部在無奈之下，最終妥協讓三都先後升格。
2. 本位主義（departmentalism）心態作祟：
   各地方自治團體往往過分強調地方自主權，引起本位主義的作祟，擔心區域管轄權受到限制，即便是互利的跨域合作，亦斤斤計較區域管轄權的可能得失，進而導致跨域治理推動上困難重重。例如大臺北地區的淡水河與基隆河的流域整治問題，多年來治理成效始終不彰，除了整治經費龐大，地方政府無法負擔外，該流域涉及大臺北之行政轄區管轄權，受限於管轄權割裂而未能以區域發展為基礎進行合作。
3. 跨域合作法制欠缺詳細規定：
   跨域治理所涉及地方自治團體與人民之權利義務甚廣，若執行失敗，則失敗責任將由何人承擔？雖現行地方制度法已有若干法源，但仍不夠完備，應可另訂有關跨域治理的專章，甚至是專法，使規範更為具體明確，作為地方自治團體跨域合作之法源依循。
4. 參與者間難以克服之交易成本：
   在跨域治理網絡中，參與者除了中央政府及地方自治團體外，尚包含個人、社區、企業、民間團體、非營利組織等。面對如此為數眾多的參與對象，所有意見的協商、折衝與整合成為一大困難，尤其當今跨域事務具有高度複雜性，合作過程可能經過長時間的協商，最終所有參與者難以達成共識而以失敗告終。

參考資料：
1. 丘昌泰（2022）。公共政策：基礎篇（六版）。巨流。
2. 方彥鈞（2025）。地方政府與政治(含地方自治概要)。高點。
3. 呂育誠（2021）。地方政府管理：結構與功能的分析（三版）。智勝。
4. 李長晏（2007）。邁向府際合作治理。元照。

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