財政部表示，依「台灣地區與大陸地區人民關係條例」第 24 條規定，納稅義務人取得大陸地區來源所得，雖大陸地區來源所得並非屬於稽徵機關所提供查詢的所得資料範圍，但仍應併同台灣地區來源所得課徵綜合所得稅，納稅義務人應要主動誠實申報，以免受罰。
根據「台灣地區與大陸地區人民關係條例」第 24 條規定，台灣地區人民、法人、團體或其他機構有大陸地區來源所得者，應併同台灣地區來源所得課徵所得稅。但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵。
此外，台灣地區法人、團體或其他機構，經主管機關許可，經由其在第三地區投資設立之公司或是事業在大陸地區從事投資者，依據所得稅法規定列報第三地區公司或事業之投資收益時，其屬源自轉投資大陸地區公司或事業分配之投資收益部分，視為大陸地區來源所得，依規定課徵所得稅。但該部分大陸地區投資收益在大陸地區及第三地區已繳納之所得稅，得自應納稅額中扣抵。
北區國稅局舉例說明，某納稅義務人 A 君辦理 104 年度綜合所得稅結算申報時，並未申報大陸地區薪資所得 40 萬元，經國稅局查獲， A 君需補稅並另處罰鍰。 A 君主張臨櫃申請 104 年度所得清單時，並沒有該筆大陸地區來源薪資所得，當然無從申報，因此 A 君不服而申請複查。
國稅局說明，民眾在綜合所得稅申報期間利用電子憑證查詢及下載的所得資料，或是臨櫃向稽徵機關查詢的所得資料，皆僅供於申報時參考依據，若民眾還有其他來源所得的所得資料，仍需依法辦理申報，因此國稅局將此複查駁回。
那台灣地區人民、法人、團體等有香港或澳門來源所得者，是否該併同台灣地區來源所得課徵所得稅？根據「香港澳門關係條例」第 28 條規定，台灣地區人民有香港或澳門來源所得者，其香港或澳門來源所得，免納所得稅。另外，台灣地區法人、團體或其他機構有香港或澳門來源所得者，應併同台灣地區來源所得課徵所得稅。但其在香港或澳門已繳納之稅額，得併同其國外所得依所得來源國稅法已繳納之所得稅額，自其全部應納稅額中扣抵。