甲公司以現金對價簡易合併消滅前甲公司持股90%的子公司A公司，以及合併消滅前甲公司持股90%的子公司B公司，甲公司皆為合併之後的存續公司。甲公司之後申報營利事業所得稅結算申報時，依所得稅法第39條第1項規定，列報合併之前前10年核定虧損本年度扣除額。

財政部臺北國稅局經查，甲公司屬於｢企業併購｣之狀況，應適用當時甲公司企業合併行為時之企業併購法第38條第1項之規定（現行為企業併購法第43條第1項），盈虧互抵期限以5年為限，併同其他查核結果，核定應補稅。甲公司不服國稅局的補稅決定，提起復查與訴願，均遭駁回，因此提起行政訴訟。

最高行政法院認為，「量能課稅原則」為依據憲法上平等原則所具體化之稅捐正義原則，要求有關納稅義務人之稅捐負擔，應當按照經濟上之負擔能力分配。「淨額所得」才是能真正表示出納稅義務人在經濟上給付稅額的能力，因此而「淨額所得原則」為量能課稅原則具體化的原則之一。若納稅義務人的損失在當年度所得金額的計算上未被扣除完畢，應准許跨年度損失扣除，而此損失扣除並非為「租稅優惠」，而是「量能課稅原則」的表現。因此最高行政法院認為若對於所得稅法第39條第1項盈虧互抵的規定做限縮解釋，將背離量能課稅原則，而有違憲之虞。因此根據上述，最高行政法院判定此案盈虧互抵不適用甲公司企業合併行為時之企業併購法第38條第1項之規定，盈虧互抵期限以5年為限，而是適用所得稅法第39條第1項規定，列報合併之前前10年核定虧損本年度扣除額。

最高行政法院108年度判字第262號判決