地方制度法賦予村（里）統一的法制地位，將其定義為「編組」，然而卻未能明確釐清村（里）體制的內涵，便形成當前村（里）體制的困境（呂育誠，2007：197-198；呂育誠，2019：260-265）：

1. 編組定義不明：
   編組是專門使用於村（里）與鄰，且村（里）並非僅是鄉（鎮、市、區）地理範圍劃分，然而除了地方制度法第3條第4項規定外，均未在對編組或村（里）有近一步的闡釋。因此村（里）定位，以及設置村（里）欲達成之目的，便可能與歷年來村（里）運作的模糊情形相互糾纏而難以明確界定。
2. 組織定位模糊：
   村（里）制度組織主要由三個部分構成：村（里）長、村（里）幹事及村（里）民大會（基層建設座談會）。然而，村（里）長為村（里）大會之主席，故村（里）民意見與鄉（鎮、市、區）公所不同時，則村（里）長陷入嚴重的角色衝突，法制上村（里）長雖應接受鄉（鎮、市、區）之指揮監督，但其為民選產生，便使其於民意和上級間拉扯。而村（里）幹事屬於鄉（鎮、市、區）公所編制內人員，其職責為鄉（鎮、市、區）辦理村（里）事務代表，職務內容有與村（里）長不同。
3. 村（里）與社會環境的不良互動：
   假若村（里）長基於個人企圖、理想或民眾壓力等因素必須表現出特殊風格，或是達到特定目標，其可能拒絕村（里）作為編組的定位，或是抗拒上級的指揮監督；相反的，若上級政府擁有優勢資源，或是便利的聯繫管道，便可直接與民眾建立互動橋樑，而無須村（里）中介，此時村（里）功能變日趨萎縮，甚至於受限於上級政府的種種限制。
4. 職能的矛盾與衝突：
   村（里）於組織設計上屬於「地方政府」與「國家的分支」，前者是基於地方自治觀點設置地方政府以符合地方民眾的需求與期望；後者則是將村（里）視為國家權力運作的環節之一，或是國家在地方的代理人（呂育誠，2006：84-88；轉引自呂育誠，2019：263）。但在組織整體功能設計上，若不能有效區分，將導致地方政府的失衡與困難。在兼具兩種功能後，今日村（里）最大的困境在上級政府與基層民眾間所產生的衝突。
5. 經費嚴重不足：
   村（里）辦理村（里）公務及交辦事項多元而龐雜，惟僅有鄉（鎮、市、區）公所編列之村（里）長事務補助費可以支用，經費長期不足。而上級政府對於村（里）投注之經費，仍偏向強調硬體設施之建設，凝聚地方治理能量有限。

參考資料：
1. 方彥鈞（2025）。地方政府與政治（含地方自治概要）。高點。
2. 呂育誠（2007）。地方政府治理概念與落實途徑之研究。元照。
3. 呂育誠（2019）。地方政府與政治。空大。

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